O Conselho Nacional de Igrejas Cristãs do Brasil conta, hoje, com duas comissões que o auxilia no encaminhamento de seus projetos e demandas anuais: uma delas é a Comissão Teológica, a outra, a Comissão Jurídica. Veja como elas atuam:
 
Comissão Teológica
 
Integrada por teólogos e teólogas indicados (as) pelas igrejas-membro do CONIC, sua função é refletir teologicamente sobre temas que tenham relação com as áreas de atuação do Conselho. A comissão também é solicitada quando são necessários posicionamentos sobre assuntos que envolvem as igrejas, desempenhando papel relevante no sentido de refletir, sob uma perspectiva ecumênica, temas de caráter doutrinal, tais como: batismo, confissão, comunhão, casamento, diálogo inter-religioso, entre outros. Quando isso ocorre, os membros da comissão emitem um parecer acerca do tema proposto e, depois, a diretoria delibera a questão.
 
Comissão Jurídica
 
Como o próprio nome sugere, é constituída por advogados que orientam a diretoria e a secretaria geral sobre assuntos de ordem jurídica, ajudando os membros do corpo diretor a sempre tomar atitudes dentro da mais ampla legalidade.